Franciszek Ziejka urodził się 3 października 1940 roku w Radłowie w powiecie tarnowskim. W latach 1958-1963 studiował filologię polską na Uniwersytecie Jagiellońskim, a po ukończeniu studiów rozpoczął pracę w Instytucie Filologii Polskiej UJ. W 1971 roku uzyskał stopień naukowy doktora, broniąc rozprawy poświęconej symbolice Wesela Stanisława Wyspiańskiego. W 1982 roku habilitował się na podstawie pracy zatytułowanej Złota legenda chłopów polskich. 9 lat później otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych i objął stanowisko profesora nadzwyczajnego. W 1998 roku został profesorem zwyczajnym.
Przez wiele lat kierował w Instytucie Polonistyki UJ Katedrą Literatury Polskiej XIX wieku. W latach 1990-1993 był dziekanem Wydziału Filologicznego UJ, następnie przez 2 kadencje prorektorem UJ, a w latach 1999-2005 sprawował funkcję rektora UJ. Przez 6 lat przewodniczył Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa, a przez 3 lata był przewodniczącym Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich. Był członkiem czynnym Polskiej Akademii Umiejętności. Przewodniczył Radzie Muzeum Narodowego w Krakowie, był członkiem m.in. Rady Muzeum Historycznego Miasta Krakowa oraz Rady Muzeum „Zamek Królewski na Wawelu”. Przez wiele lat reprezentował Polską Akademię Umiejętności w Association Bibliothèque Polonaise de Paris, wchodził także w skład Conseille Scientifique tejże biblioteki. Był członkiem Komisji ds. Etyki w Nauce przy Polskiej Akademii Nauk oraz Kapituły Nagrody Prezesa Rady Ministrów.
Wykładał ponad 7 lat na uniwersytetach francuskich (w Aix-en-Provence oraz w Paryżu). Na Uniwersytecie Narodowym w Lizbonie założył pierwszy w dziejach Portugalii lektorat języka i kultury polskiej. Był członkiem komitetów redakcyjnych kilku pism naukowych. Od 2005 roku przewodniczył Społecznemu Komitetowi Odnowy Zabytków Krakowa oraz Radzie Fundacji Panteon Narodowy w Krakowie. 5 uniwersytetów polskich nadało mu godność doktora honoris causa. Posiada honorowe obywatelstwo Tarnowa, Sanoka i Radłowa. Otrzymał liczne odznaczenia polskie i zagraniczne, m.in. Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski, Medal Gloria Artis, Wielki Złoty Krzyż za Zasługi na Rzecz Republiki Austrii, Palmes Academiques, Ordre National du Mérite, Legia Honorowa (Chevalier), Krzyż Mauthausen Pro meritis, Grande Oficial da Ordem do Mérito (Portugalia), Wielki Krzyż Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec.
Franciszek Ziejka w 2014 roku został uhonorowany medalem „Zasłużony dla PWSZ w Krośnie” za szczególny udział w stworzeniu w Krośnie uczelni wyższej.
